肾脏是红斑狼疮最易受累的器官，所以也是临床医学家研究最多的问题。所谓狼疮性肾炎是由于免疫复合物在肾脏内的沉积，造成了对肾脏的损害。它和一般的肾炎不同点是，常可以在血中找到自身抗体，其中最主要的抗体是抗双链
DNA抗体，与肾脏的损害有着十分密切的关系。在电子显微镜和免疫荧光显微镜下，我们可以看到肾脏里有大量的免疫复合物沉积，而且还可以看到抗核抗体的碎片。
　　肾脏由肾小球和肾小管组成，肾小球有血液的滤过功能，而肾小管则有吸收、分泌和排泄的功能，最终形成尿液而排出体外。狼疮性肾炎是一个全肾炎，两者都会影响到，如影响肾小球的功能，使肾小球结构破坏，一些原来不能通过肾小球的大分子蛋白质滤出，而肾小管的吸收功能又受到损害，可以造成大量蛋白尿和血尿，使机体造成严重的营养丢失、缺乏。久而久之，病变加重形成了肾脏的纤维化，这时就可出现肾功能不全，进而功能衰竭。目前，由于透析技术的发展，病人可以用体外的机器来代替已失去功能的肾脏，把体内的废物排泄掉，有机会还能做肾移植，使病情有得到缓解的可能。